La explosión tuvo lugar en el aparcamiento de la Universidad de Navarra situado junto al Edificio Central poco antes de las once de la mañana. La deflagración, en el corazón del campus y de gran potencia, se escuchó en toda la Universidad y reventó los cristales de todos los edificios próximos y calcinó los coches estacionados en ese parking.
Los trozos de cristales y la metralla dejaron más de una veintena de heridos, todos de carácter leve, y cuantiosos daños materiales.
En total, 21 personas fueron atendidas en los hospitales de Pamplona. La mayor parte de ellos fueron asistidos en la Clínica Universitaria de Navarra que atendió a 18 personas, en el Servicio de Urgencias del Hospital de Navarra, se ha atendido a un hombre de 38 años, que resultó intoxicado leve por inhalación de humo y en en el Servicio de Urgencias del Hospital Virgen del Camino fueron trasladas otras dos personas con heridas leves.
Al parecer, un reducido comando de ETA radicado en la provincia de Guipúzcoa necesitó de tan sólo 12 horas para robar un coche en esa provincia, cargarlo de explosivos, desplazarse hasta Pamplona para colocar un coche-bomba en el campus de la Universidad de Navarra y regresar. Los terroristas telefonearon con un móvil de tarjeta prepago a las 9.50 horas desde algún punto de Guipúzcoa para alertar del atentado, informaron fuentes de la lucha antiterrorista.
El Ministro del Interior, Alfredo Pérez Rubalcaba, que no quiso entrar a valorar si esta es o no la respuesta de ETA a las últimas detenciones, sí confirmó que un comunicante anónimo alertó una hora antes de la explosión a la DYA de Vitoria, pero en su aviso no especificó que la bomba estaba colocada en la Universidad de Navarra.
